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premier5官方版為有生物研究需求的用戶打造的資料查詢平臺(tái),特色的引物功能能更好的去檢索所需數(shù)據(jù)。有了該軟件的支持,你就能更好的去處理關(guān)于生物方面的實(shí)驗(yàn),是實(shí)驗(yàn)室的好幫手。
Primer Premier5是由加拿大Premier Biosoft公司開(kāi)發(fā)的分子生物學(xué)引物設(shè)計(jì)軟件,主要用于設(shè)計(jì)PCR(聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))引物。
1、在本站下載解壓壓縮包,得到Premier5 64位安裝包和注冊(cè)機(jī);
2、打開(kāi)"Primer Premier 5"文件,找到EXE文件點(diǎn)擊開(kāi)始,軟件無(wú)需安裝,打開(kāi)即可使用;
3、打開(kāi)軟件之后將會(huì)彈出以下界面,點(diǎn)擊Active Product按鈕,看到一個(gè)2位數(shù)的Machine ID;
4、把Machine ID輸入Primer Keygen,點(diǎn)擊Generate生成激活碼;
5、把激活碼輸入Primer Premier,點(diǎn)擊ok即可彈跳出成功的指示;
1、進(jìn)入軟件之后,主界面如下圖所示;
2、點(diǎn)擊下雨紅框里面的Primer;
3、點(diǎn)擊下圖紅框里面的Search,設(shè)置好了之后,點(diǎn)擊OK;
4、點(diǎn)擊Align,可以進(jìn)行快速的轉(zhuǎn)換,點(diǎn)擊OK即可轉(zhuǎn)換。
一、引物設(shè)計(jì)
1、打開(kāi)DNA序列后點(diǎn)擊按鈕primer,出現(xiàn)“search criteria”窗口,有多種參數(shù)可以調(diào)整
2、搜索目的(Seach For)有三種選項(xiàng),PCR 引物(PCR Primers)、測(cè)序引物(Sequencing Primers)和雜交探針(Hybridization Probes)
3、搜索類型(Search Type)可選擇分別或同時(shí)查找上、下游引物(Sense/Anti-sense Primer,或Both),或者成對(duì)查找(Pairs),或者分別以適合上、下游引物為主(Compatible with Sense/Anti-sense Primer)。另外還可改變選擇區(qū)域(Search Ranges),引物長(zhǎng)度(Primer Length),選擇方式(Search Mode),參數(shù)選擇(Search Parameters)等等
4、使用者可根據(jù)自己的需要設(shè)定各項(xiàng)參數(shù)。如果沒(méi)有特殊要求,建議使用默認(rèn)設(shè)置。然后按search,隨之出現(xiàn)的Search Progress 窗口中顯示Search Completed 時(shí),再按OK,這時(shí)搜索結(jié)果以表格的形式出現(xiàn),有三種顯示方式,上游引物(Sense),下游引物(Anti-sense),成對(duì)顯示(Pairs)。默認(rèn)顯示為成對(duì)方式,并按優(yōu)劣次序(Rating)排列,滿分為100,即各指標(biāo)基本都能達(dá)標(biāo)
二、限制性酶切點(diǎn)分析及基元查找功能
1、其主要功能在主界面上一目了然。限制性酶切點(diǎn)分析及基元查找功能比較簡(jiǎn)單,點(diǎn)擊該功能按鈕后,選擇相應(yīng)的限制性內(nèi)切酶或基元(如-10 序列,-35 序列等),按確定即可
2、常見(jiàn)的限制性內(nèi)切酶和基元一般都可以找到,你還可以編輯或者添加新限制性內(nèi)切酶或基元
三、引物修飾編輯
1、在需要對(duì)引物進(jìn)行修飾編輯時(shí),如在5’端加入酶切位點(diǎn),可點(diǎn)擊,然后修改引物序列
2、若要回到搜索結(jié)果中,則點(diǎn)擊按鈕。如果要設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物,只需根據(jù)源氨基酸序列的物種來(lái)源選擇前述的八種遺傳密碼規(guī)則,反推至DNA 序列即可
3、對(duì)簡(jiǎn)并引物的分析不需像一般引物那樣嚴(yán)格
4、總之,“Premier”有優(yōu)秀的引物自動(dòng)搜索功能,同時(shí)可進(jìn)行部分指標(biāo)的分析,而且容易使用,是一個(gè)相當(dāng)不錯(cuò)的軟件
四、引物點(diǎn)擊
1、點(diǎn)擊其中一對(duì)引物,如第1#引物,并把上述窗口挪開(kāi)或退出,顯示“Peimer Premier”主窗口,所得結(jié)果分三部分,
2、模板及產(chǎn)物位置,中間是所選的上下游引物的一些性質(zhì),最下面是四種重要指標(biāo)的分析,包括發(fā)夾結(jié)構(gòu)(Hairpin),二聚體(Dimer),錯(cuò)誤引發(fā)情況(False Priming),及上下游引物之間二聚體形成情況(Cross Dimer)
3、當(dāng)所分析的引物有這四種結(jié)構(gòu)的形成可能時(shí),按鈕由變成,點(diǎn)擊該按鈕,在左下角的窗口中就會(huì)出現(xiàn)該結(jié)構(gòu)的形成情況
4、一對(duì)理想的引物應(yīng)當(dāng)不存在任何一種上述結(jié)構(gòu),因此最好的情況是最下面的分析欄沒(méi)有,只有。值得注意的是中間一欄的末尾給出該引物的最佳退火溫度
特異性分析:
檢測(cè)引物自互補(bǔ)性、二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等問(wèn)題,避免非特異性擴(kuò)增。
引物設(shè)計(jì):
自動(dòng)生成 PCR引物、測(cè)序引物、雜交探針等,支持簡(jiǎn)并引物設(shè)計(jì)(根據(jù)氨基酸保守序列反推DNA序列)。
多重設(shè)計(jì):
針對(duì)同一模板設(shè)計(jì)多重引物,提升實(shí)驗(yàn)靈活性。
參數(shù)優(yōu)化:
可設(shè)置引物長(zhǎng)度、GC含量、退火溫度(Tm值),確保PCR效率與準(zhǔn)確性。
1、該軟件分為四大塊,尤其常用的是引物設(shè)計(jì)、限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)分析和DNA 基元(motif)查找
2、給專業(yè)人員帶來(lái)的極大的便利,立足點(diǎn)按照引物設(shè)計(jì)的基本原則,只是更加快速和自動(dòng)化而已
3、我們可以直接提交模板序列到特定網(wǎng)頁(yè),如著名的primer3,得到設(shè)計(jì)好的引物,也可以在本地計(jì)算機(jī)上運(yùn)行引物設(shè)計(jì)專業(yè)軟件
適用于分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中的引物設(shè)計(jì)需求,如測(cè)序驗(yàn)證、基因克隆等,可顯著提高實(shí)驗(yàn)成功率。
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